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事情的导火索在嬴政统一六国后的嬴政三十四年大寿宴会上，淳于越博士向嬴政和李斯发难，其欲托古改制，循古制，封建诸侯，恢复战国时代的分封制度。

在秦以前天下一直实行的都是“分封制”。在分封制下，古代中国的天子将土地分给王室子弟，功臣或古代帝王的后裔，所封之地称为诸侯国、封国或藩国等等，统治封地的君主被称为诸侯、藩王等。为了维护统治，分封制规定，诸侯必须服从天子的命令，同时负有为天子镇守疆土的责任义务。除此之外，还有随从作战、交纳贡赋、朝觐述职的义务。同时，诸侯在自己的封疆内，又对卿大夫实行再分封，卿大夫再将土地和人民分赐给士，卿大夫和士也要向上一级承担作战等义务。这样层层分封下去，形成了森严等级天子诸侯卿大夫士。这就形成一个局面，天下的土地只是名义上归天子所有，而实际上不完全归王室所有，而是分别由获得封地的诸侯所有，诸侯只要定期向王室上缴一定的进贡即可，当然在出现国家安全时需要出兵保护王室，承担战争的义务，相当于中世纪欧洲诸王国与罗马教廷的关系，即现代意义上的联邦制的基础。这就相当于每个诸侯国其实都是一个半独立的状态，极不利于中央集权。于是乎，当中央无法有效约束地方的时候，就会出现战国七雄这种制度的产物。秦始皇嬴政在上台后，和李斯一起在未统一六国时就开始设立郡县制度，取消了“分封制”，统一后更加推广，使各郡县的最高行政长官由秦中央直接任免和派遣，不再世袭罔替，权力受限，极大地提高了中央集权的执行效率和控制力，同时也是对世袭贵族政治的一次打击。

此时面对淳于越的发难，无疑是对秦始皇和李斯的巨大否定，立马就引起了李斯集团的巨大反弹。对于力排众议废除封建制，开创郡县制的李斯而言，这是他在政治上的得意之作，意在立法百代，流芳千古。于是上书秦始皇嬴政，言道：这些老儒生天天捧着史书以古非今，我看必须把秦朝以前的史书都烧了才行，还有那些诗、书、百家之言也烧了，但有利于国家生产发展的医药、卜筮、种树农事之书还得留着。嬴政对于李斯这可以维护中央集权的建议，自是欣然同意。于是历史上著名的秦火焚书运动轰轰烈烈地开始了。但古人竹简刀笔，著书匪易，不比今日，每年都有数十万种著作出版面世，这就决定了，帝国焚书的品种不可能太多，大致为以下两种：一是史官非秦记者，即六国之史记，以其多讥讽于秦。二是诗书、百家语。尤其《诗》、《书》，乃是淳于越之流以古非今的武器仓库。烧了这些书籍等于缴械，主张恢复分封制的人自然也没办法在引用这些思想武器，所以焚书的目标对象是很明确的。

另一方面，秦始皇的焚书运动虽然如火如荼，但除了民间私藏的，当时帝国包括明令烧毁的在内所有的书籍，在皇宫内中都留有完整的备份，只要秦帝国存在千秋万世，理论上这些书都应该一直完好地保存下去。然而，诸多古籍湮灭无踪，后世永不得复见，造成这一结果的人却是项羽。在项羽攻入咸阳之后，一把大火烧了秦始皇的宫殿，除了搬出来的金银珠宝外，其他都化为一片灰烬，其中自然也包括这些书籍备份。在项羽之前，刘邦倒是先到了咸阳城，但也只是搬出来了一些秦朝的土地薄、赋役册等有利于其今后统治的书籍。连秦国的法律都懒得去搬运，这也就是现在为止秦国当时那么完备的法律文书，我们依然只能零星看到的原因。于是乎，也就出现了《史记》当中陈胜、吴广因遇到大雨而误了服役时间“失期，法皆斩”的谬误。而从最新出土的秦朝法律原文来看，为朝廷征发徭役，如耽搁不加征发，应罚二甲；迟到三天到五天，斥责；六天到十天，罚一盾；超过十天，罚一甲。绝没有“失期，法皆斩”这一说。

而对于坑儒这件事，秦始皇坑杀的也不是儒家子弟，而是一些方士、术士。方士、术士是什么人呢？也就是求神算命，号称能求长生不老之药的江湖骗子。那为何会出现坑儒的说法呢？这要从我们现在所读到的《史记·秦始皇本纪》说起，我们现在所读到的《史记·秦始皇本纪》是东汉明帝以后的版本，都是经过东汉的儒生和正统史家们的添加和篡改的，但其中依然有很多明显的矛盾疑点。