丽一同离开了希望之船舰队。“碇真嗣跟随凌波丽回到曾经的NERV总部，却发现这里变成了一片废区。他见到了依旧很冷淡的父亲碇源堂，也看到了弹钢琴的熏。父亲只说让他驾驶EVA13号机，就消失了。碇真嗣发现凌波丽并不是从前的那个，而是个只会听命令的人偶，让他大失所望。冬月虽然一直跟随碇源堂，但却把真相告诉了碇真嗣，让他看到了母亲碇唯的照片，碇唯原名凌波唯。碇唯消失在了初期的EVA控制系统内，现在成了初号机的控制系统。而她的信息保留在了凌波系列里，所谓的凌波丽，都是碇唯的复制体。现在，那个女孩也和碇唯一样，保存在了初号机之中。这全都是他父亲碇源堂的计划，为了实现计划，碇源堂付出了所有的牺牲，包括他自己的阅读医生剧融合：开局成为院长最新章节请关注（江南小说网 https://www.medabc.com.cn/novel/55362/）